Le projet de PRES a vu le jour en septembre 2007 par la signature d’une convention entre l’Université de Bourgogne et l’Université de Franche Comté. Dès l’origine, il s’était donné comme ambition de devenir un levier fort pour son territoire qui rayonne désormais au-delà des frontières, jusqu'à la Suisse et dans un réseau de partenariats internationaux.
« Aujourd'hui, il est en phase opérationnelle avec une gouvernance innovante et ouverte (également aux entreprises), opérationnelle dès ce mois de janvier 2011 », souligne le communiqué en précisant que ce PRES de deuxième génération, créé sous forme de Fondation de coopération scientifique, « s’affirme donc désormais officiellement comme un grand pôle européen de recherche, d’innovation et d’enseignement supérieur ».
L’ensemble interrégional représente 54 000 étudiants, 3500 enseignants‐chercheurs et 60 équipes de recherche. Il a pour objectif de permettre aux universités, écoles, établissements de soins universitaires, organismes nationaux de recherche et acteurs économiques de mettre en oeuvre une véritable stratégie de coopération en matière de recherche, d’innovation et de formation.
Les huit fondateurs du PRES sont l’Université de Bourgogne, l’Université de Franche-Comté, AgroSup Dijon, l’ENSMM de Besançon, le CHU de Dijon, le CHU de Besançon, le Centre Georges-François Leclerc de lutte contre le Cancer et l’Etablissement Français du Sang, ainsi que trente partenaires, dont le monde économique bien représenté, qui mettent en commun toutes leurs forces pour porter ensemble des projets d’avenir et multiplier les coopérations fructueuses. Sont notamment associés les cinq pôles de compétitivité des deux régions.Dans le vaste programme « Investissements d’avenir »2 du gouvernement, lancé par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche pour financer des projets scientifiques et technologiques, et visant à faire émerger en France une dizaine de pôles d’excellence d’enseignement supérieur et de recherche de rang mondial, le PRES Bourgogne Franche‐Comté se positionne.
Ce 7 janvier 2011, le PRES dépose officiellement sa candidature à l’appel à projet Initiative d’excellence pour une somme de 600 M€. Une candidature soutenue par les conseils régionaux de Bourgogne et de Franche-Comté qui s'engagent, avec les Pôles de compétitivité et les entreprises, à apporter 1 euros pour 1 euro investi par l'Etat.