En janvier 1997 il a soutenu la thèse du doctorat en histoire : « La France et la formation de la démocratie parlementaire en Serbie 1830-1914 », à l’Université Sorbonne-Paris IV, il enseigne depuis 1998 l’histoire européenne et méthodologie d’histoire à l’Université de Belgrade. Opposant au régime de Milošević, président du Conseil des changements démocratiques (1998-2001), Bataković fut nommé en janvier 2001 l’ambassadeur de la République fédérale de Yougoslavie (depuis 2003 Serbie et Monténégro) dans la République hellénique. Dès son retour de Grèce en 2005 il fut nommé conseiller du Président de la République de la Serbie.
En tant qu’expert pour la question du Kosovo, il fut élu en novembre 2005 membre de l’équipe de négociations serbe sur le statut futur du Kosovo, dans le cadre de l’ONU à Vienne. En juillet 2007 il fut désigné l’ambassadeur de la Serbie au Canada, et en janvier 2009 l'ambassadeur de Serbie en France. Il est venue en France le 27 mars 2009 et a présenté ses lettres de créances le 3 juillet 2009.
Il est auteur des dizaines de livres dont en français : Kosovo. La spirale de la haine, Lausanne: L'Age d'Homme 1993 (deuxième édition 1998) ; La Yougoslavie : nations, religions, idéologies, Lausanne: L'Age d'Homme 1994 ; Histoire du peuple serbe (sous la direction), Lausanne: L’Age d’Homme 2005 ; Kosovo. Un conflit sans fin? Lausanne: L'Age d'Homme 2008.