De légères perturbations sont à prévoir sur les lignes :
- Besançon Viotte - Besançon TGV,
- Dole – Pontarlier - Saint Claude,
- Besançon - La Chaux de fonds (uniquement samedi).
Par ailleurs, des substitutions routières sont mises en place sur certaines lignes.
SNCF Voyageurs opérateur des trains Mobigo pour le compte de la Région Bourgogne-Franche-Comté conseille aux voyageurs de vérifier leurs horaires avant leur départ.