Après avoir passé son enfance à Fertans, Cyril Aymonier suit son enseignement secondaire à Besançon, d'abord au lycée Jules Haag puis au Lycée Victor Hugo en classes préparatoires. Il quitte, ensuite, la région pour entrer à l'Ecole nationale supérieure de chimie de Toulouse et obtient son diplôme d’ingénieur en 1997.
Au cours de son doctorat (1997-2000), à l’Université de Bordeaux, il a étudié la réactivité chimique dans les milieux fluides supercritiques. Il a poursuivi sa formation par un post-doctorat de deux ans à Fribourg (Allemagne) au sein de l’Institut für Makromoleculare Chemie dans le domaine des nanomatériaux. Fort de ces expériences, il a rejoint le CNRS en 2002 au sein de l’Institut de Chimie de la Matière Condensée de Bordeaux (ICMCB), unité propre du CNRS reconnue dans les domaines de la chimie du solide, la science des matériaux et les sciences moléculaires.
Cyril Aymonier reçoit la médaille de bronze attribuée par la section 15 du comité national de la recherche scientifique du CNRS « Chimie des matériaux, nanomatériaux et procédés ».
Ce jeune chimiste manipule la matière à l’échelle nanométrique pour concevoir des matériaux aux propriétés inédites.