Les grands projets d'infrastructures sont nombreux dans la région et beaucoup sont en attente de validation par l'Etat. Le CIAT permettra probablement de débloquer certains projets. Reste à savoir lesquels...
A titre d'exemple, on trouve parmi ces projets des liaisons routières comme la RN 19, la RN 57 (contournement de Besançon), mais aussi ferroviaires comme la seconde branche-est et les branches sud et ouest), ainsi que la réouverture de la liaison Belfort-Delle destinée à relier la future gare TGV de Meroux à la Suisse.
Pour rappel en décembre 2003 s'était tenu un CIAT qui avait permis, enfin, de valider les travaux du TGV Rhin Rhône.