La requête en annulation de la DUP-tramway a été déposée ne décembre 2011. Introduite par Jean-Philippe Allenbach (Mouvement Franche-Comté), Serge Grass (Union Civique des Citoyens Contribuables ) et Jean-Pierre Soulier (Besançon Renouveau), elle a été examinée par le tribunal administratif de Besançon. Les trois associations bisontines ont choisi pour avocat Me Philippe Audouin « qui a déjà réussi à faire stopper par le tribunal le projet de tram de Nîmes ».
Selon Jean-Philippe Allenbach du Mouvement de Franche-Comté « le président du tribunal a tout particulièrement interpellé la CAGB sur le faible Taux de Rentabilité Interne (TRI) du projet qui n'est que de 3.2%, alors que selon la Cour des Comptes, le TRI doit être d'au moins 8% pour qu'un projet puisse être déclaré d'utilité publique. Il a aussi demandé si, à ce jour, tous les accords de crédits nécessaires étaient déjà signés, ce à quoi la CAGB a répondu qu'ils ne l'étaient pas encore... »
L'avocat de la communauté d'agglomération du Grand Besançon a plaidé l'irrecevabilité en se disant sidérée d'un tel recours. Le tribunal administratif de Besançon décidera le 12 juillet d'une nouvelle audience pour débattre du fond... ou rejettera la requête pour irrecevabilité. Dans ce dernier cas les trois associations préviennent déjà « nous ferions immédiatement appel »