Le président Jean-Philippe Allenbach, qui ne peut pas se présenter à ces élections, affirme que "le résultat des élections devant être des plus serré, gagner l’électorat franc-comtois, c’est donc gagner l’élection. Sachant que l'électorat franc-comtois n'est pas l'électorat bourguignon puisque les préoccupations des Francs-Comtois ne sont pas identiques à celles des Bourguignons."
Le MFC l'a déjà fait savoir : il appellera à voter "pour quiconque d'ici le scrutin s’engagera à organiser un tel référendum". Et si aucun ne le fait, le MFC appellera alors "tous les Francs-Comtois(e)s à voter blanc ou, à tout le moins, à s'abstenir. En effet, participer aux élections reviendrait alors à cautionner le funeste "mariage forcé" de la Franche-Comté avec la Bourgogne."
Pour le Mouvement Franche-Comté, "ce qui compte avant tout c’est l’intérêt de la Franche-Comté et de ses habitants et non pas celui des Etat-majors politiques parisiens et de leurs petites marionnettes locales, tous aveuglés par leur idéologie de droite ou de gauche."