Le directeur territorial chargé des départements du Doubs et du Territoire de Belfort est Christian Payot. Le bassin de Besançon bénéficie d’une directrice territoriale déléguée en la personne d’Odile Ferru. La direction territoriale de la Haute-Saône et du Jura est assurée par Claude Guyot.
Par ailleurs, Jean-Marie Schirck est entouré par Jean-Marie Craugnard, chef de cabinet, Jean-Louis Vermot-Gauchy, médiateur régional et Denys Bricout, chef des services opérationnels.
