Un secrétaire général de préfecture est un fonctionnaire civil de l'administration française. Collaborateur direct du préfet, il bénéficie d'une large délégation de signature. Il remplace le préfet en cas d'absence. Sous-préfet de l'arrondissement chef-lieu, il est assisté des services administratifs de la préfecture organisés en directions :
- La direction de la réglementation et des libertés publiques est la plus importante en termes d'effectifs. Ses missions sont principalement orientées vers le public. Elles ont un point commun : la mise en oeuvre de la réglementation et la garantie des libertés publiques.
- La direction de l'immigration et de l'intégration traite les demandes de séjour, d'asile et de naturalisation des ressortissants étrangers.
- La direction des relations avec les collectivités locales est chargée de préparer les décisions du préfet dans le cadre du contrôle administratif des collectivités territoriales en application des lois de décentralisation de 1982.
- La direction des ressources humaines et des moyens assure la gestion des personnels de la préfecture et des sous-préfectures et des moyens logistiques.