S'opposant d'abord à son soutien à l'aéroport jurassien : "le transport aérien de courte distance est le mode de déplacement qui émet le plus de gaz à effet de serre. Alors que l'argent public ne cesse de se raréfier, les investissements sont à orienter vers les transports en commun de proximité, qui rendent réellement service aux habitants de notre région", Cécile Prudhomme s'insurge contre l'évocation du Grand Canal, estimant qu'il s'agit d'une provocation de François Sauvadet envers tous ceux qui se sont battus contre ce projet.
"Le projet a été enterré en 1997 : trop grand, trop cher, c'est surtout un projet dangereux. Dangereux d'abord pour les rivières comtoises, nombreuses mais au débit faible, déjà à sec une partie de l'été. Dangereux pour la faune et la flore qui vit dans les méandres du Doubs. Dangereux pour 4700 hectares de terres agricoles qui disparaîtraient. Dangereux pour l'approvisionnement en eau potable. Dangereux pour le patrimoine historique des villes se trouvant sur son tracé. Dangereux pour les finances publiques : un tel projet coûterait vingt milliards d'euros !"