Si Dijon a été choisie comme capitale régionale et conservera notamment le siège de l'Agence régionale de santé (ARS) ou de la Direction régionale des affaires culturelles (DRAC), Besançon accueillera le rectorat de région et les sièges de la Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du
logement (DREAL) et de la Direction régionale des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l'emploi (DIRECCTE), ainsi que l'INSEE locale.
Pour le maire PS de Besançon, Jean-Louis Fousseret "Il y a globalement un équilibre entre la Bourgogne et la Franche-Comté, mais il faut rester vigilant car ce n'est qu'une première étape", a-t-il ajouté, soulignant qu'il restait des localisations à définir comme celles de la Banque publique d'investissement, l'Ademe.
Réaction de Jean-Louis Fousseret
"Je suis satisfait, ça n’a pas été facile, mais je dois dire que la parole du Premier ministre et celle du président de la République et du médiateur a été respectée. Ce qui a été annoncé a été tenu. Nous avons le rectorat de région, capitale universitaire, la Dréal, La Direccte, le siège de l'Insee et ce qui touche à l'économie. Mais je reste vigilant, Il faut continuer les discussions pour cet équilibre soit respecté. Je pense aussi pourquoi pas à l'implantation de directions de grandes entreprises, notamment dans le domaine de l'énergie. Pourquoi pas ?
Il faut bien comprendre qu'il s'agit des directions administratives. Le directeur, son secrétariat et son environnement proche. Mais je tiens à préciser que l'ensemble des services reste ici. Ce ne sont pas l'ensemble des services qui partent de Besançon ou de Dijon. D'ailleurs où les logerions-nous en terme de bureaux ?
Je crois qu'entre Dijon et Besançon, c'est équilibré. La Direccte, l'économie et l'emploi, reste ici. La Bourgogne Franche-Comté restera grâce à l'axe Besançon Belfort-Montbéliard et avec le jura et la Haute-Saône, la première région industrielle de France au prorata du nombre d'habitants. Par ailleurs, la Franche-Comté, la mariée, amène dans sa corbeille 240 km de frontière avec la Suisse avec tous les liens que nous avons avec nos laboratoires, notre industrie... Moi ce qui m'intéresse, c'est de continuer à construire l'avenir de cette région qui sera plus grande donc je l'espère plus forte… ".