La précédente charte datant de 2001, proposait que le président de l'agglomération puisse être, soit le maire de Besançon, soit son représentant. Pour les élus UMP bisontins, cette décision "interdit toute parité homme-femme pour ces deux postes désormais obligatoirement confisqués par la même personne."
Ils dénoncent, par ailleurs, le manque de souplesse laissée à l'organisation du Grand Besançon. "Cette disposition répond davantage à des considérations de politique politicienne et d’arrangements entre amis qu’à une évolution réelle et nécessaire de la gouvernance de Besançon et de son agglomération." Avant d'ajouter que : "la lutte contre le cumul n’a jamais été la politique de ceux qui dirigent la CAGB [qui] en ont totalement exclu du bureau la minorité bisontine depuis 12 ans."