Le 5 octobre 2017, la ministre de l'Enseignement supérieur, de l'innovation et de la Recherche décidait d'attribuer le siège du Crous à Besançon. Dijon, et notamment son maire, François Rebsamen, s'étaient offusqué de cette décision. Les élus bisontins de tout bord avaient alors appelé les élus de Dijon et de la Côte d’Or "à s’inscrire dans une logique de coopération et de partenariat plutôt qu’à contester les arbitrages déjà rendu" car visant " l’intérêt général pour le dynamisme et l’attractivité de l’ensemble des territoires en Bourgogne-Franche-Comté."
Après confirmation en début d'année que le Crous resterait bien à Besançon, Jean-Louis Fousseret, estime que le dossier était clos. Il l'est définitivement après la réception d'un courrier du Premier ministre en date du 13 mars au sénateur Jacques Grosperrin qui se félicite de l'aboutissement favorable de la démarche entreprise collégialement au mois de décembre avec l'ensemble des parlementaires de Franche-Comté.
Édouard Philippe explique dans son courrier en date du 13 mars 2018 que la "recherche d'équilibre" dans le cadre de la réforme territoriale a donné lieu à "de nombreuses discussions" notamment sur le positionnement du rectorat ou de l'ARS (agence régionale de santé). Le Premier ministre conclut en stipulant que l'organisation proposée avec un siège du Crous à Besançon répond au mieux au fonctionnement des services dans l'intérêt de la Bourgogne Franche-Comté.