En parallèle, le site du Scalp (Section carrément anti Le Pen) de Besançon a été piraté. Des tags tel que «anti antifa» ou «WP» (signifiant «White Power») ainsi que des affiches «ici c’est la Comté, pas Alger» du Front Comtois ont été apposés sur des lieux très précis de la capitale comtoise, comme la librairie associative et anarchiste l’autodidacte (d'où des membres avaient d'ailleurs effectués des saluts nazis le 20 novembre 2010) ou la casa Marulaz, des endroits fréquentés par les sympathisants de mouvements gauchistes.
Ces graffitis et affiches ont été retirés aujourd'hui à la casa Marulaz. En parallèle à ces faits, le site internet officiel du Scalp de Besançon a été piraté pendant cette même nuit, sans que des liens avec le Front Comtois aient été prouvés, même si il existe de forts soupçons.
Ainsi, des insultes, des phrases détournées et des images et vidéos ont été ajoutées ou modifiées.