S'il reste difficile de les chiffrer, on estime néanmoins leur population à 4 ou 500 individus sur l’ensemble du territoire franc-comtois. Les castors "comtois" sont principalement concentrés sur la Loue et ses affluents, mais aussi sur le Doubs, l’Ain, la Saône et la Lanterne.
Ils seraient réapparus naturellement au début des années 2000 d'abord sur le Suran. Avant cela, "la dernière trace de sa présence en région remontait à l’époque Mérovingienne", d’après Vincent Dams, chargé de mission à Jura Nature Environnement. Il suit l’espèce depuis 15 ans et avoue avoir été surpris de ne trouver aucun groupe de travail à ce sujet à son arrivée dans le Jura il y a cinq ans.
Depuis 2014, une vaste étude est ainsi menée par FNE Franche-Comté, LPO Franche-Comté et Jura Nature Environnement pour améliorer la cohabitation entre les activités humaines et ce rongeur aquatique. Un "groupe castor" a été monté avec divers initiatives et actions de sensibilisation.
Une "espèce-ingénieur" qui favorise la biodiversité
Aujourd'hui, un questionnaire circule par la poste et Internet, adressé aux élus locaux, naturalistes et simples habitants, pour permettre d'expérimenter des moyens de résolution de conflits (barrage, replantation d’arbres…) et d'affiner les impacts de l'espèce sur les milieux aquatiques et la végétation rivulaire. Car certains peuvent voir d'un mauvais oeil sa présence sur le territoire. Il serait même parfois arrivé qu'on le confonde avec le ragondin, "une espèce nuisible", alors que le castor est "une espèce protégée". Il aurait pourtant plus d'un effet bénéfique sur l'environnement.
"Le castor fait partie des espèces dites ‘ingénieur’ (ndlr : avec l'homme et l'éléphant) qui réaménagent des milieux. Il a été prouvé que sa présence favorise la biodiversité. Il peut notamment reconstruire des zones humides. " Des financements ont été apportés jusqu’ici par la DREAL et la Région Franche-Comté et diverses initiatives ont vu le jour comme à Louvenne, dans le Jura, où en novembre 500 saules ont été plantés au bord de cours d’eaux lors d’un chantier éco-volontaire.