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Les 12 directions à Besançon :
- Cabinet
- Relations avec les citoyens
- Économie
- Formation professionnelle des demandeurs d'emploi
- Transitions professionnelles et orientation
- Lycées
- Cartes des formations, apprentissage, formations sanitaires et sociales
- Transition énergétique
- Evaluation
- Systèmes d'information
- Affaires juridiques et archives
- Direction patrimoine et gestion immobilière
Les 17 directions à Dijon :
- Transport et infrastructures
- Mobilités du quotidien
- Agriculture et forêt
- Tourisme
- Recherche et enseignement supérieur
- Culture, sport, jeunesse et vie associative
- Numérique éducatif
- Aménagement du territoire et numérique
- Environnement
- Europe et rayonnement international
- Prospective
- Pilotage de projets
- Finances et budget
- Ressources humaines
- Moyens généraux
- Achats
- Assemblée et documentation