Pinot, vainqueur samedi du contre-la-montre, a gagné deux des trois étapes de l'épreuve courue en Corse-du-Sud.
Le Franc-Comtois, 25 ans, s'était classé l'an passé deuxième de la course derrière Jean-Christophe Péraud.
Au classement général officieux, Pinot a devancé Pierre Latour de 37 secondes et le Néerlandais Sam Oomen de 46 secondes.
Dans la troisième étape longue de 171,5 kilomètres, l'équipe FDJ a contrôlé la course en permanence pour aborder la montée finale avec une trentaine de secondes de retard sur un groupe échappé (avec notamment Gautier, Moser, Di Grégorio et Voeckler).
Les équipiers de Pinot (Reichenbach, Geniez) ont assuré un rythme soutenu dans l'ascension longue de 14 kilomètres jusqu'à l'attaque du porteur du maillot jaune, sur la partie pentue, à 1500 mètres de la ligne.
Pinot a débordé Latour, qui avait démarré à plus de 6 kilomètres du sommet, pour le précéder de 7 secondes sur la ligne.
Arnold Jeannesson a pris la troisième place, à 12 secondes, devant un autre Français, Alexis Vuillermoz.