Un conducteur au volant d'une Peugeot 306 aurait selon les premiers témoignage grillé un feu rouge et a percuté le tramway qui descendait de la station Polygone en direction de Chamars vers 14h25 devant le commissariat de la Gare d'Eau. Le tablier avant du tramway s'est décroché. Le conducteur de la voiture, âgé de 19 ans, et le conducteur du tramway, âgé de 36 ans, ont été pris en charge par VSAV. Ils ont été évacués sur le CHRU de Besançon.
Les passagers du tramway accidenté ont dû sortir de la rame. La circulation des lignes 1 et 2 du réseau Ginko à Besançon a été interrompue le temps de l'intervention des secours.