Le 16 novembre 2016, le Collectif SOS Loue et Rivières Comtoises a participé au 36e comité du Conseil de l’Europe à Strasbourg, dans le cadre de la "plainte apron". Cette plainte a été déposée en 2011, avec des ONG suisses, contre les États français et suisses pour non-application de la convention de Berne vis-à-vis de l’apron. Le but étant d’obliger les États à prendre les mesures nécessaires pour améliorer la qualité du Doubs frontière et de la Loue, afin de sauvegarder ce poisson protégé.
Pour le collectif, "la situation générale du Doubs et de la Loue, déjà très critique, s’est encore aggravée en 2016. C’est d’ailleurs désormais des poissons bien moins confidentiels que l’apron, comme notre réputée truite Fario et l’Ombre commun qui sont respectivement classés "espèce vulnérable" et "en danger" sur nos rivières. "
Lors des débats à Strasbourg, le collectif SOS-LRC a présenté un bilan et a demandé diverses mesures. S’il "reconnaît une forte prise de conscience des autorités et des intentions affichées, il dénonce l’insuffisance des plans d’action et les lourdeurs inacceptables dans la mise œuvre des mesures qui auraient dû au moins ralentir les processus de mort lente de ces grandes rivières."
Pour le collectif, "les données officielles parfois mensongères et les actions de façade ne peuvent masquer des rivières qui se dégradent : les états suisses et français restent sous surveillance."